A Bacia Hidrográfica do Rio Tubarão, do Complexo Lagunar e bacias contíguas é composta por 26 municípios, inseridos total ou parcialmente na área da bacia. Destes, 22 fazem parte da área de atuação do Comitê Tubarão e Complexo Lagunar, os quais estão distribuídos em cinco sub-bacias:
Sub-Bacia do Rio Braço do Norte: Anitápolis, Santa Rosa de Lima, Rio Fortuna, Grão-Pará, Braço do Norte e São Ludgero;
Sub-bacia do Rio Capivari: São Bonifácio, São Martinho, Armazém e Gravatal;
Sub-bacia dos Formadores do Tubarão: Lauro Müller, Orleans e Pedras Grandes;
Sub-bacia do Baixo Tubarão: Tubarão, Capivari de Baixo, Treze de Maio, Sangão e Jaguaruna;
Sub-bacia do Rio D'Una e Complexo Lagunar: Imbituba, Imaruí, Pescaria Brava e Laguna.
Outros quatro municípios estão inseridos parcialmente na Bacia e não fazem parte da área de abrangência do Comitê Tubarão e Complexo Lagunar: Urussanga, Bom Jardim da Serra, Paulo Lopes e Garopaba.