A bacia do Rio Tubarão é uma das mais comprometidas do Estado de Santa Catarina, principalmente quando se analisa o conjunto da carga poluidora gerada pela lavra, beneficiamento, transporte e estocagem do rejeito da mineração de carvão, pelas unidades produtoras de coque, pela usina termoelétrica, pelas cerâmicas, pelas fecularias, pelo setor agroindustrial e lançamento
Os conflitos existentes na bacia são decorrentes dos diversos tipos de atividades como agricultura, com o cultivo de lavouras temporárias (arroz irrigado, fumo) e permanentes (laranja, palmito e banana), dejetos da pecuária (aves, suínos e bovinos), aquicultura (peixes, camarões, ostras, vieiras e mexilhões), mineração do carvão, efluentes domésticos e industriais.