O Comitê têm reuniões ordinárias bimensais e uma comissão consultiva que desenvolve as atividades específicas (sempre dentro da orientação de que o comitê não é um órgão executivo nem fiscalizador, mas deliberativo, opinativo e articulador). Uma câmara técnica também está sendo criada para tratar de assuntos específicos. O Comitê elege um presidente (bianualmente) e um vice-presidente (dentre os representantes dos usuários, da população ou do poder público). A diretoria eleita é auxiliada pela comissão consultiva.
Qualquer entidade interessada em participar do Comitê Canoas deve acompanhar as atividades e inscrever-se na oportunidade de uma eleição que é feita por categorias. Independentemente disso, todas as atividades de um Comitê são abertas e, muitas vezes, há reuniões e grupos de trabalho onde a participação é possível.