Bacia do Rio Canoinhas
Com área de 1.604 km2, o Rio Canoinhas nasce na Serra Geral, no município de Monte Castelo, próximo da divisa com Santa Cecília. Entre suas características principais está o fato de ser muito sinuoso, com comprimento de aproximadamente 192 km.
O Rio Canoinhas se estende por 5 municípios, desaguando no Rio Negro entre os municípios de Três Barras e Canoinhas. Também são banhados pelas águas do afluente as cidades de Major Vieira e Papanduva.
Bacia dos Afluentes Catarinenses do Rio Negro
Os Alfluentes do Rio Negro têm extensão de 4.318 km2, sendo a maior bacia entre as três que compõem a Região Hidrográfica 5. A nascente está localizada na Serra do Mar, fluindo para o oeste. Com isso, serve de limite entre os Estados do Paraná e Santa Catarina. Seus afluentes são os rios São João, Butiá, São Lourenço, da Lança, Negrinho, Preto e Turvo.