SUB1 – Rancho Grande, com área de drenagem de aproximadamente 503,8 km² é constituído pela bacia hidrográfica do Rancho Grande, que recebe contribuições das águas de alguns rios situados nos municípios de Jaborá, Concórdia, Ouro, Presidente Castelo Branco, Ipira, Peritiba e Alto Bela Vista. Constituem o SUB1 – Rancho Grande: Arroio São Miguel, Lajeado Águas Belas, Lajeado Pinhal, Lajeado dos Tatetos, Lajeado Nicolau, Arroio Caetano, Lajeado São Luís ou Elisário, Lajeado Dois-Irmãos, Rancho Grande, Lajeado Taquaral, Lajeado do Nicolau, Rio Rancho Grande e Lajeado São Pedro.
SUB2 – Suruvi, com área de drenagem aproximada de 84,5 km² este sub sistema hidrográfico é constituído pela a bacia hidrográfica do rio Suruvi ou Lajeado Suruvi, que está totalmente inserido no município de Concórdia.
SUB3 – Queimados, constituído pela bacia hidrográfica do Rio dos Queimados (ou Lajeado Queimado) possui área de drenagem de 87,1 km². Está totalmente inserido no município de Concórdia.
SUB4 – Jacutinga, com área de drenagem aproximada de 1002,8 km² é o maior sub-sistema hidrográfico do SHPRH Jacutinga Ariranha. São contribuintes da SUB4 – Jacutinga, rios nos municípios de Água Doce, Arabutã, Catanduvas, Concórdia, Ipumirim, Irani, Itá, Jaborá, Lindóia do Sul e Vargem Bonita. As principais nascentes estão localizadas no município de Água Doce. O município de Catanduvas está totalmente inserido neste sub-sistema. Constituem o SUB4 - Jacutinga: Arroio Jundiaí, Arroio Vinte e Quatro de Fevereiro, Córrego Cedro, Córrego Lorenzatt, Lajeadinho, Lajeado Catanduvas, Lajeado do Cascalho, Lajeado dos Pintos, Lajeado Fragoso, Lajeado Guarani, Lajeado Silvana ou Vitória, Lajeado Três Barras, Ribeirão Três Galhos, Ribeirão Tunalzinho, Rio Coração, Rio Jacutinga, Rio Moinho Velho e Rio Pingador.
SUB5 – Engano, com área de drenagem de 561,8 km² é constituído pela bacia hidrográfica do rio Engano (ou rio do Engano), que recebe contribuições das águas de rios situados nos municípios de Irani, Lindóia do Sul, Ipumirim, Arabutã, Seara e Itá, onde deságua no rio Uruguai. Constituem o SUB5 – Engano: os cursos de água Arroio Barra Bonita, Arroio Serra, Lajeado Joana, Irani, Lajeado Baiano, Lajeado Borboleta, Lajeado Iracema, Lajeado Manso,
Lajeado Polidoro, Lajeado Passo Fundo, Lajeado Fragosinho, Lajeado Rafael, Lajeado Surdo, Lajeado Cotovelo, Passo da Uva, Ribeirão do Portão, Lajeado do Cordeiro, Rio Azul e Rio Caçador.
SUB6 – Ariranhazinho, possui área de drenagem de 51,4 km² e é constituído pela bacia hidrográfica do arroio Ariranhazinho, cujas nascentes estão localizadas no município de Seara. A jusante, recebe ainda contribuições das águas de alguns rios situados nos municípios de Paial e Itá, sendo o arroio Ariranhazinho o divisor entre estes dois municípios.
SUB7 - Ariranha, possui área de drenagem de 236,8 km² e é constituído pela bacia hidrográfica do rio Ariranha, cujas nascentes estão localizadas nos municípios de Seara e Ipumirim. A jusante, pela margem direita, recebe contribuições do Lajeado Salto do Reduto e do Arroio Passo das Antas, cujas nascentes estão no município de Xavantina. Mais a jusante, serve
parcialmente de divisor entre os municípios de Arvoredo e Seara. A jusante, recebe ainda contribuições das águas de alguns rios situados nos municípios de Seara e Paial, sendo o rio Ariranha o divisor parcial entre estes dois municípios. No município de Paial, deságua pela margem direita do rio Uruguai.
SUB8 – Contribuições Independentes, totalizando uma área de drenagem de 183,9 km². É constituída por diversas pequenas bacias independentes, todas elas afluentes pela margem direita do rio Uruguai. Inclui, entre outros, o Lajeado Tamanduá, o Lajeado Paulino, a Sanga Jaragá, a Sanga Lava-pés e outras contribuições de menor área de drenagem, variando entre 1
km² e 20 km², cuja nomenclatura da hidrografia não consta na base cartográfica.