Os principais rios desta bacia, além do rio Araranguá, são: Mãe Luzia, Itoupava, dos Porcos, Amola Faca, Jundiá, Cachorrinho, Engenho Velho, Figueira, Rocinha, Manoel Alves, Sanga do Coqueiro,Turvo, Sangão, Fiorita e São Bento. O rio Araranguá possui suas nascentes localizadas na Serra Geral e deságua no oceano Atlântico, com comprimento de todos os cursos hídricos somados totalizando 5.916 Km e vazão média de 40m³/s. A área total da bacia é de aproximadamente 3.089 km². A quantidade e qualidade da água na bacia do rio Araranguá encontra-se parcialmente comprometida, em alguns trechos, pelas seguintes atividades: Agricultura; crescimento desordenado das cidades; desmatamentos nas nascentes, das encostas e mata ciliar; efluentes industriais e domésticos; lixo; mineração e salinidade, entre outros.