A área total de abrangência do Comitê é de 4.313 km², incluindo a Bacia Hidrográfica do Rio Araranguá e os Afluentes Catarinenses da Rio Mampituba. As duas bacias possuem suas nascentes localizadas na Serra Geral e deságuam no oceano Atlântico.
Os principais rios da Bacia do Rio Araranguá, além do rio Araranguá, são: Rio Itoupava e seus afluentes (Rio Amola Faca, Rio da Rocinha, Rio da Figueira, Rio Pinheirinho, Rio da Pedra, Rio Engenho Velho e outros), Rio Manuel Alves e seus afluentes (Rio Morto, Rio do Meio, Rio do Salto, Rio Pilão e outros) e Rio Mãe Luiza e seus afluentes (Rio São Bento, Rio Sangão, Rio Criciúma, Rio do Cedro e outros). A área total da bacia do rio Araranguá é de aproximadamente 3.089 km² e drena parte ou totalmente 16 municípios.
A bacia do Rio Mampituba é menor, somando 1.927 km², sendo que 1.224 km² estão em território catarinense e abrangem 9 municípios. A bacia do Mampituba é compartilhada pelos Estados de Santa Catarina e do Rio Grande do Sul. Em Santa Catarina, os principais afluentes do rio Mampituba são: Arroio Faxinalzinho, Rio Pavão, Rio Malacara, Rio Canoas, Rio Barro Preto, Rio Sertão, Rio da Laje, Rio Caverá e Sanga da Madeira, possuindo ainda um complexo lagunar composto pela Lagoa do Sombrio e Lagoa do Caverá.
A quantidade e qualidade da água da região do Comitê Araranguá e Afluentes do Mampituba encontra-se parcialmente comprometida, em alguns trechos, pelas seguintes atividades: agricultura; crescimento desordenado das cidades; desmatamentos nas nascentes, das encostas e mata ciliar; efluentes industriais e domésticos; lixo; mineração e salinidade, entre outros.