O território de atuação do Comitê Antas e Afluentes do Peperi-guaçu é a Bacia Hidrográfica do Rio das Antas, Bacias Contíguas e Afluentes Catarinenses do Rio Peperi-guaçu, que é contribuinte da Bacia do Rio Uruguai, integrante da Bacia do Rio da Prata que deságua suas águas no Oceano Atlântico.
Está situada na Região Hidrográfica RH1 e localizada no extremo-oeste do estado de Santa Catarina.
