Compete ao Comitê Cubatão e Madre promover o debate das questões relacionadas aos recursos hídricos e articular junto aos órgãos e entidades intervenientes; compatibilizar os interesses dos diferentes usuários da água, dirimindo, em primeira instância administrativa, os eventuais conflitos; realizar estudos, divulgar e debater, na bacia, os programas prioritários de serviços e obras a serem realizados no interesse da coletividade, definindo objetivos, metas, benefícios, custos, riscos sociais e ambientais; e fornecer subsídios para elaboração do relatório anual sobre a situação dos recursos hídricos da bacia hidrográfica. Dentre seus objetivos destacam-se a promoção do gerenciamento descentralizado, participativo e integrado das bacias hidrográficas do Rio Cubatão, do rio da Madre e bacias contíguas o estímulo a proteção das águas e a compatibilização do gerenciamento dos recursos hídricos com o desenvolvimento regional e com a proteção do meio ambiente.