No estado de Santa Catarina a Lei nº 10.949 de 1998 institui, para efeito de planejamento, gestão e gerenciamento dos recursos hídricos catarinenses, dez regiões hidrográficas. A bacia hidrográfica do Rio Jacutinga está inserida na RH3 - Região Hidrográfica 3 Vale do Rio do Peixe.