Os conflitos existentes na bacia são decorrentes dos diversos tipos de atividades que são realizadas pelo uso e/ou pela deterioração da qualidade da água, como agricultura, com o cultivo de lavouras temporárias (arroz, fumo) e permanentes (laranja, palmito e banana), pecuária (aves, suínos e bovinos), aquicultura (peixes, camarões, ostras, vieiras e mexilhões), mineração do carvão, entre outros.